本次的故事发生在全新的冒险舞台——“合众地方”。其蓝本是第五世代游戏（口袋妖怪黑白）。小智与皮卡丘和新伙伴艾莉丝、天桐一起展开为了追寻梦想和冒险以及和各种各样神奇宝贝的邂逅的旅行。。一位单身母亲被逼到极限时，她不得不专向她一生都在逃离的世界，只为保护她的女儿。
