眼见与蛋头博士的一场激战导致宇宙崩毁，刺猬索尼克必须急速穿越平行时空，寻找失去联系的朋友，携手拯救世界。。在一艘研究船发出的求救信号返回地球后，美国太空部队派出一艘救援船前往土星的卫星潘多拉。但是当他们试图着陆时，他们发现潘多拉已经居住着高度进化的类人物种。。
